Kirkefondet ledes af en bestyrelse på 7-9 medlemmer, hvoraf ikke over halvdelen må være præster. Bestyrelsen vælges af repræsentantskabet. Valgene gælder for 4 år ad gangen.
Se Kirkefondets nuværende bestyrelse her.

Den daglige ledelse forestås af Kirkefondets generalsekretær.

Repræsentantskabet består af: 
a. Indtil 30 medlemmer valgt af repræsentantskabet, der så vidt muligt repræsenterer folkekirkens menigheder i alle landsdele.
b. Samtlige medlemmer af Kirkefondets bestyrelse.
c. Hidtidige livsvarige medlemmer.
d. Indtil 5 repræsentanter valgt i hvert af Danmarks stifter.
Se medlemmerne af repræsentantskabet her.

Der afholdes repræsentantskabsmøde hvert år. 

Kirkefondet har udvalg i nogle stifter, og har også arbejdsgrupper i forbindelser med nogle af arbejdsområderne. Se udvalg og arbejdsgrupper her.